プログラミング/julia/gist との連携

(447d) 更新


プログラミング/julia

nbextensions の導入

http://jupyter-contrib-nbextensions.readthedocs.io/en/latest/install.html

LANG:console
$ sudo python3 -m pip install jupyter_contrib_nbextensions
$ jupyter contrib nbextension install --user

とすると、jupyter notebook にて Nbextentions というタブを開けるようになる。

jupyter-nbextentions.png

Gist との連携

http://jupyter-contrib-nbextensions.readthedocs.io/en/latest/nbextensions/gist_it/readme.html

  • github へログインした後、https://github.com/settings/tokens の "Generate a personal access token" リンクをクリック
    • Token description に "jupyter notebook" など分かりやすい説明を付ける
    • "□ gist | Create gists" をチェック
    • "Generate Token" をクリック
    • Token をコピー
  • jupyter notebook の Nbextentions タブで Gist-it にチェックを付ける
  • gist-it をクリックして現れる "Github personal access token" フィールドに Token を貼り付ける

jupyter-nbextentions-gistit.png

これで、適当な notebook を開くと、Gist it ボタンが現れる。

jupyter-gistit-button.png

ボタンを押して description を記入し、Gist it! を押す。

jupyter-gistit1.png

あれ?ajax エラーが出たぞ???

nbextensions-gistit-ajax-error.png

Chrome の デベロッパーツールで見てみると、api.github.com へ向けた通信のステータスが (canceled) となっていた。

コンソールには github ajax error が表示されて、status が 404 になっていた?!

実際にアクセスしてエラーになる場合には (canceled) にならないので、 実際の通信が行われる前にエラーになっているみたい。

画面に表示されるエラーメッセージ "The ajax request to Github went wrong:" で検索しても黒木さんの https://mathtod.online/@genkuroki/347159 が引っかかるだけっていうのは非常に謎だ。

よほど珍しいことになってる???

Firefox で同じ事をやったら、

「ネットワーク」のところに api.github.com との通信履歴が生じなかった。 やはり実際の通信が生じる前にエラーになっている。

そして、

<script> 要素の ‘src’ 属性が正しい URI ではありません: “https://api.github.com/gists?{"files":{"test-plotly.ipynb":{"content":"{\n  \"cells\": [\n    {\n      \"metadata\": {},\n      \"cell_type\": \"markdown\",\n      \"source\": \"# plotly利用のテスト\"\n    },\n    {\n      \"metadata\": {},\n      \"cell_type\": \"markdown\",\n      \"source\": \"データを作成\"\n    },\n    {\n      \"metadata\": {\n        \"trusted\": true\n      },\n      \"cell_type\": \"code\",\n      \"source\": \"import numpy as np\\ndata_x = np.linspace(0, 100, 10)\\ndata_ys = np.random.random(size=(3, len(data_x)))\\nlabels = ['hoge', 'fuga', 'piyo']\",\n      \"execution_count\": 6,\n      \"outputs\": []\n    },\n    {\n      \"metadata\": {},\n      \"cell_type\": \"markdown\",\n      \"source\": \"グラフ表示のおまじない\"\n    },\n    {\n      \"metadata\": {\n        \"trusted\": true,\n        \"scrolled\": true\n      },\n      \"cell_type\": \"code\",\n      \"source\": \"import plotly.offline as po\\nimport plotly.graph_objs as go\\np…

というエラーも表示された。

何のことだか分からないけど、なぜか post ではなく get でアクセスしに行ってる感じ?

gists の api はこう:https://developer.github.com/v3/gists/

当然、新しい記事を投稿するには post を使う。

でも、https://github.com/ipython-contrib/jupyter_contrib_nbextensions/blob/6af8e5e84e4746476c5b476b7e38f63d7abb2064/src/jupyter_contrib_nbextensions/nbextensions/gist_it/main.js#L444 を見る限り get でアクセスするわけはないんだよなあ・・・

たぶん、ディベロッパーツールの見方が悪いだけだ。

上記のファイルは ~/.local/share/jupyter/nbextensions/gist_it/main.js にあるので、 $ajax の前に次のデバッグ用のコードを追加した。

LANG:console
$ jed ~/.local/share/jupyter/nbextensions/gist_it/main.js
 +        console.log({
 +            url: 'https://api.github.com/gists' + (id ? '/' + id : ''),
 +            type: method,
 +            dataType: 'json',
 +            data: JSON.stringify(data),
 +            beforeSend: add_auth_token,
 +            success: gist_success,
 +            error: gist_error,
 +            complete: complete_callback
 +        });

結果は、

Object { 
 url: "https://api.github.com/gists", 
 type: "POST", 
 dataType: "json", 
 data: "{\"files\":{\"test-plotly.ipynb\":{\"content\":\"{\\n  \\\"cells\\\": [\\n    {\\n      \\\"metadata\\\": {},\\n      \\\"cell_type\\\": \\\"markdown\\\",\\n      \\\"source\\\": \\\"# jupyterからplotlyを利用する(python)\\\"\\n    },\\n    {\\n      \\\"metadata\\\": {},\\n      \\\"cell_type\\\": \\\"markdown\\\",\\n      \\\"source\\\": \\\"https://qiita.com/deaikei/items/b71c1ca2c4c2a2c37526 を元に試す\\\\n\\\\nまずデータを作成\\\"\\n    },\\n    {\\n      \\\"metadata\\\": {\\n        \\\"trusted\\\": true\\n      },\\n      \\\"cell_type\\\": \\\"code\\\",\\n      \\\"source\\\": \\\"import numpy as np\\\\ndata_x = np.linspace(0, 100, 10)\\\\ndata_ys = np.random.random(size=(3, len(data_x)))\\\\nlabels = ['hoge', 'fuga', 'piyo']\\\",\\n      \\\"execution_count\\\": 6,\\n      \\\"outputs\\\": []\\n    },\\n    {\\n      \\\"metadata\\\": {},\\n      \\\"cell_type\\\": \\\"markdown\\\",\\n      \\\"source\\\": \\\"グラフ表示のおまじない\\\"\\n    },\\n    {\\n      \\\"metadata\\\": {\\n        \\\"scrolled\\\": true,\\n        \\\"trusted\\\": true\\n      },\\n      \\\"cell_type\\\": \\\"code\\\",\\n      \\\"source\\\": \\\"import plotly.offline as po\\\\nimport plotly.graph_o…", 
 beforeSend: add_auth_token(), 
 success: gist_success(), 
 error: gist_error(), 
 complete: click() 
}

data の中味は

{
  description: "jupyterからplotlyを利用する(python)",
  files: {
    "test-plotly.ipynb": Object { content: "{\n  \"cells\": [\n ..." }
  },
  public: false
}

となっていて、特に問題なさそうに見える。

でも gist_error で次のエラーが表示される。

jqXHR = {
  ...
  readyState: 4
  status: 404
  statusText: "error"
}

status = 404 は Not Found で、通信もしていないのにこのエラーが出るのはおかしいなあ。。。

黒木さんに教えていただき juliabox で試してみた

困ったなー、とつぶやいたところ、なんと黒木さんからメッセージを頂いてしまった。

ということで、juliabox でやってみたところ、

何の問題も無くできてしまった。

ふむ。

アクセスは https://api.github.com/gists への POST で、 要求ヘッダーは

Accept:  "application/json, text/javascript, */*; q=0.01"
Accept-Encoding:  "gzip, deflate, br"
Accept-Language:  "ja,en-US;q=0.7,en;q=0.3"
Authorization:  "token xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx"
Connection:  "keep-alive"
Content-Length:  1329
Content-Type:  "application/x-www-form-urlencoded; charset=UTF-8"
Host:  "api.github.com"
Origin:  "https://juliabox.com"
Referer:  "https://juliabox.com/notebook/notebooks/hello-juliabox.ipynb"
User-Agent:  "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; …) Gecko/20100101 Firefox/59.0"

body は、

{
  "files": {
    "hello-juliabox.ipynb": { 
      "content": "{\n \"cells\": [\n {\n \"metadata\": {\n \"trusted\": true\n }, ..."
    }
  },
  "description": "julia hello",
  "public":true
}

なので、特に変わったところはない。

ファイルが大きすぎたらしい?

先に試した notebook は plotly を含んでいたため、 実はあれだけでファイルサイズが 5メガバイト もあった。

Hello world だけで試したら何の問題も無かった。

でも黒木さんによると、

とのことで、ファイルサイズの問題ではないらしい。

とりあえず進めて、本当に使いたいファイルでエラーが出たらまた詳しく条件を探ろうと思う。

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