インストールの履歴(No.1)

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プログラミング/julia/インストールへ行く。
- 1 (2018-04-03 (火) 09:48:58)
- 2 (2018-04-03 (火) 10:18:43)
- 3 (2018-04-11 (水) 13:25:59)
- 4 (2018-04-11 (水) 13:51:50)

julia のインストール†

https://qiita.com/phigasui/items/8af41d1bcbe7ef276cfe を見ながら

LANG:console
$ git clone https://github.com/JuliaLang/julia.git
$ cd julia
$ git tag | tail
 v0.5.1
 v0.5.2
 v0.6.0
 v0.6.0-pre.alpha
 v0.6.0-pre.beta
 v0.6.0-rc1
 v0.6.0-rc2
 v0.6.0-rc3
 v0.6.1
 v0.6.2
$ git co v0.6.2
$ cat /proc/cpuinfo | grep cpu.cores
  cpu cores       : 2
  cpu cores       : 2
$ make -j3
 ...
 
 Makefile:85: recipe for target 'julia-deps' failed
 make: *** [julia-deps] Error 2
$ make
 ...

 make[4]: gfortran: コマンドが見つかりませんでした
 Makefile:34: recipe for target 'slamch.o' failed
 make[4]: *** [slamch.o] Error 127
 Makefile:17: recipe for target 'lapack_install' failed
 make[3]: *** [lapack_install] Error 2
 Makefile:210: recipe for target 'netlib' failed
 make[2]: *** [netlib] Error 2
 *** Clean the OpenBLAS build with 'make -C deps clean-openblas'. Rebuild with 'make OPENBLAS_USE_THREAD=0' if OpenBLAS had trouble linking libpthread.so, and with 'make OPENBLAS_TARGET_ARCH=NEHALEM' if there were errors building SandyBridge support. Both these options can also be used simultaneously. ***
 /home/takeuchi/julia/deps/blas.mk:111: recipe for target 'scratch/openblas-85636ff1a015d04d3a8f960bc644b85ee5157135/build-compiled' failed
 make[1]: *** [scratch/openblas-85636ff1a015d04d3a8f960bc644b85ee5157135/build-compiled] Error 1
 Makefile:85: recipe for target 'julia-deps' failed
 make: *** [julia-deps] Error 2
$ sudo apt-get install gfortran
 以下の追加パッケージがインストールされます:
   gfortran-4.9 libgfortran-4.9-dev libgfortran3
 提案パッケージ:
   gfortran-multilib gfortran-doc gfortran-4.9-multilib gfortran-4.9-doc libgfortran3-dbg
 以下のパッケージが新たにインストールされます:
   gfortran gfortran-4.9 libgfortran-4.9-dev libgfortran3
 アップグレード: 0 個、新規インストール: 4 個、削除: 0 個、保留: 2 個。
 6,002 kB のアーカイブを取得する必要があります。
 この操作後に追加で 21.8 MB のディスク容量が消費されます。
$ make
 ...

 /bin/sh: 3: cmake: not found
 *** To install a newer version of cmake, run contrib/download_cmake.sh ***
 /home/takeuchi/julia/deps/llvm.mk:518: recipe for target 'scratch/llvm-3.9.1/build_Release/build-configured' failed
 make[1]: *** [scratch/llvm-3.9.1/build_Release/build-configured] Error 1
 Makefile:85: recipe for target 'julia-deps' failed
 make: *** [julia-deps] Error 2
$ sudo apt-get install cmake
 以下の追加パッケージがインストールされます:
   cmake-data
 提案パッケージ:
   codeblocks eclipse ninja-build
 以下のパッケージが新たにインストールされます:
   cmake cmake-data
 アップグレード: 0 個、新規インストール: 2 個、削除: 0 個、保留: 2 個。
 3,314 kB のアーカイブを取得する必要があります。
 この操作後に追加で 16.6 MB のディスク容量が消費されます。
$ make
 ...

 CMake Error at CMakeLists.txt:3 (cmake_minimum_required):
   CMake 3.4.3 or higher is required.  You are running version 3.0.2
 
 -- Configuring incomplete, errors occurred!
 *** To install a newer version of cmake, run contrib/download_cmake.sh ***
 /home/takeuchi/julia/deps/llvm.mk:518: recipe for target 'scratch/llvm-3.9.1/build_Release/build-configured' failed
 make[1]: *** [scratch/llvm-3.9.1/build_Release/build-configured] Error 1
 Makefile:85: recipe for target 'julia-deps' failed
 make: *** [julia-deps] Error 2
$ sh contrib/download_cmake.sh
$ ls deps/scratch/cmake-3.7.1-Linux-x86_64/bin/cmake
 deps/scratch/cmake-3.7.1-Linux-x86_64/bin/cmake*
$ make -j4
$ julia --version
 julia version 0.6.2
$ julia/julia
                _
    _       _ _(_)_     |  A fresh approach to technical computing
   (_)     | (_) (_)    |  Documentation: https://docs.julialang.org
    _ _   _| |_  __ _   |  Type "?help" for help.
   | | | | | | |/ _` |  |
   | | |_| | | | (_| |  |  Version 0.6.2 (2017-12-13 18:08 UTC)
  _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |
 |__/                   |  x86_64-linux-gnu
 
 julia> println("Hello world!")
  Hello world!
 
 julia> ^D
$

コンパイルには非常に時間がかかるので、できれば j オプションで並列実行をしたいところなのだけれど、並列実行中にエラーが出ると何が悪かったのかがよく分からないことになるみたいだった。

インストールでこけたら j オプション無しで make するといい。

結局、手元環境からだと

LANG:console
$ sudo apt-get install gfortran
$ sh contrib/download_cmake.sh
$ make -j4

とすれば良かったみたいだ。

jupyter も入れる†

http 経由で Web ブラウザから使えるようになる。

http://jupyter.org/install.html を見ながら

LANG:console
$ python3 -m pip install --upgrade pip
 /usr/bin/python3: No module named pip
$ sudo apt-get install python3-pip
 以下の追加パッケージがインストールされます:
   libpython3-dev libpython3.4 libpython3.4-dev python3-colorama python3-dev 
   python3-distlib python3-html5lib python3-requests python3-setuptools python3-urllib3
   python3-wheel python3.4-dev
 提案パッケージ:
   python3-genshi python3-lxml python3-ndg-httpsclient python3-openssl python3-pyasn1
 以下のパッケージが新たにインストールされます:
   libpython3-dev libpython3.4 libpython3.4-dev python3-colorama python3-dev python3-distlib 
   python3-html5lib python3-pip python3-requests python3-setuptools
   python3-urllib3 python3-wheel python3.4-dev
 アップグレード: 0 個、新規インストール: 13 個、削除: 0 個、保留: 2 個。
 42.0 MB のアーカイブを取得する必要があります。
 この操作後に追加で 62.8 MB のディスク容量が消費されます。
$ sudo python3 -m pip install --upgrade pip
 Downloading/unpacking pip from https://pypi.python.org/packages/ac/95/a05b56bb975efa78d3557efa36acaf9cf5d2fd0ee0062060493687432e03/pip-9.0.3-py2.py3-none-any.whl#md5=d512ceb964f38ba31addb8142bc657cb
   Downloading pip-9.0.3-py2.py3-none-any.whl (1.4MB): 1.4MB downloaded
 Installing collected packages: pip
   Found existing installation: pip 1.5.6
     Not uninstalling pip at /usr/lib/python3/dist-packages, owned by OS
 Successfully installed pip
 Cleaning up...
$ python3 -m pip --version
 pip 9.0.3 from /usr/local/lib/python3.4/dist-packages (python 3.4)
$ sudo python3 -m pip install jupyter
$ jupyter notebook
 [I 16:57:56.316 NotebookApp] Writing notebook server cookie secret to /run/user/1000/jupyter/notebook_cookie_secret
 Traceback (most recent call last):
   File "/usr/local/bin/jupyter-notebook", line 11, in <module>
     sys.exit(main())
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/jupyter_core/application.py", line 266, in launch_instance
     return super(JupyterApp, cls).launch_instance(argv=argv, **kwargs)
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 657, in launch_instance
     app.initialize(argv)
   File "<decorator-gen-7>", line 2, in initialize
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 87, in catch_config_error
     return method(app, *args, **kwargs)
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/notebook/notebookapp.py", line 1507, in initialize
     self.init_webapp()
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/notebook/notebookapp.py", line 1297, in init_webapp
     self.http_server.listen(port, self.ip)
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/tornado/tcpserver.py", line 144, in listen
     sockets = bind_sockets(port, address=address)
   File "/usr/local/lib/python3.4/dist-packages/tornado/netutil.py", line 163, in bind_sockets
     sock.bind(sockaddr)
 OSError: [Errno 99] Cannot assign requested address
$ jupyter notebook --ip=127.0.0.1 --port=3000
 [I 17:06:49.573 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: /home/takeuchi
 [I 17:06:49.573 NotebookApp] 0 active kernels
 [I 17:06:49.573 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:
 [I 17:06:49.574 NotebookApp] http://127.0.0.1:3000/?token=xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
 [I 17:06:49.574 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip
 [C 17:06:49.574 NotebookApp]
 
     Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time,
     to login with a token:
         http://127.0.0.1:3000/?token=xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

python 版の rvm みたいのがあれば使った方が良かったのかもしれないのだけれど、とりあえず現状ではその他の用途に python 使う予定がなかったのでそのまま入れた。

コンソール上では w3m が立ち上がって、以下の表示になった。

http://localhost:3000/ へアクセスしたブラウザ上では、

となった。

jupyter 起動方法†

LANG:console
$ jupyter notebook --ip=127.0.0.1 --port=3000

として起動した w3m を q を押して修了し、

LANG:console
     Copy/paste this URL into your browser when you connect for the first time,
     to login with a token:
         http://127.0.0.1:3000/?token=xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

のように表示されたアドレスへブラウザからアクセスしたら、ホームディレクトリのフォルダとファイルの一覧が表示された。

そこで、

LANG:console
$ make julia-notes

として、julia-notes フォルダを作成し、ブラウザでフォルダをクリックしたら、

のように、空のフォルダの中味が表示された。

でもこのままだとデフォルトではいる python カーネルしか使えない。

jupyter から julia を使えるようにする†

LANG:console
$ cd
$ ./julia
                _
    _       _ _(_)_     |  A fresh approach to technical computing
   (_)     | (_) (_)    |  Documentation: https://docs.julialang.org
    _ _   _| |_  __ _   |  Type "?help" for help.
   | | | | | | |/ _` |  |
   | | |_| | | | (_| |  |  Version 0.6.2 (2017-12-13 18:08 UTC)
  _/ |\__'_|_|_|\__'_|  |
 |__/                   |  x86_64-linux-gnu
 
 julia> Pkg.update()
  INFO: Initializing package repository /home/takeuchi/.julia/v0.6
  INFO: Cloning METADATA from https://github.com/JuliaLang/METADATA.jl
  INFO: Updating METADATA...
  INFO: Computing changes...
  INFO: No packages to install, update or remove

 julia> Pkg.add("IJulia")
  INFO: Cloning cache of BinDeps from https://github.com/JuliaLang/BinDeps.jl.git
  INFO: Cloning cache of BinaryProvider from https://github.com/JuliaPackaging/BinaryProvider.jl.git
  INFO: Cloning cache of Compat from https://github.com/JuliaLang/Compat.jl.git
  INFO: Cloning cache of Conda from https://github.com/JuliaPy/Conda.jl.git
  INFO: Cloning cache of IJulia from https://github.com/JuliaLang/IJulia.jl.git
  INFO: Cloning cache of JSON from https://github.com/JuliaIO/JSON.jl.git
  INFO: Cloning cache of MbedTLS from https://github.com/JuliaWeb/MbedTLS.jl.git
  INFO: Cloning cache of Nullables from https://github.com/JuliaArchive/Nullables.jl.git
  INFO: Cloning cache of SHA from https://github.com/staticfloat/SHA.jl.git
  INFO: Cloning cache of URIParser from https://github.com/JuliaWeb/URIParser.jl.git
  INFO: Cloning cache of ZMQ from https://github.com/JuliaInterop/ZMQ.jl.git
  INFO: Installing BinDeps v0.8.7
  INFO: Installing BinaryProvider v0.2.7
  INFO: Installing Compat v0.63.0
  INFO: Installing Conda v0.7.1
  INFO: Installing IJulia v1.7.0
  INFO: Installing JSON v0.17.2
  INFO: Installing MbedTLS v0.5.8
  INFO: Installing Nullables v0.0.5
  INFO: Installing SHA v0.5.6
  INFO: Installing URIParser v0.3.1
  INFO: Installing ZMQ v0.5.1
  INFO: Building Conda
  INFO: Building MbedTLS
  Info: Downloading https://github.com/quinnj/MbedTLSBuilder/releases/download/v0.6/MbedTLS.x86_64-linux-gnu.tar.gz to /home/takeuchi/.julia/v0.6/MbedTLS/deps/usr/downloads/MbedTLS.x86_64-linux-gnu.tar.gz...
  [18:35:43] ######################################################################## 100.0%
  Info: using prebuilt binaries
  INFO: Building ZMQ
  INFO: Building IJulia

 julia> ^D
$ jupyter kernelspec list
 Available kernels:
   julia-0.6    /home/takeuchi/.local/share/jupyter/kernels/julia-0.6
   python3      /usr/local/share/jupyter/kernels/python3
$ jupyter notebook --ip=127.0.0.1 --port=3000

使えるようになった。

Counter: 8508 (from 2010/06/03), today: 4, yesterday: 6